バイオマーカー実用化プロジェクト Biomarker Project
活動内容
インフォコムはオミクスデータに対する統計解析技術の研究開発を行い、配列解析・発現解析・パスウェイ解析・分子設計技術を駆使し、バイオマーカー・創薬ターゲットの探索を行っています。
統計解析技術の研究開発に関しては、生命情報工学研究センター生体ネットワークチームと共同研究を実施し、システムバイオロジー・ネットワークバイオロジー技術による実践的な解析手法・ソフトウェアの実現を目指しています。
様々なフェノタイプで活性化あるいは刺激に応答するネットワークをDNAマイクロアレイデータ等のオミクスデータから網羅的に探索する手法を開発
確立した統計解析技術に基づき、様々な研究対象に対し適用することで有用な結果を得ています。例えば、人工多能性幹細胞（iPS細胞）および胚性幹細胞（ES細胞）に関する性状解析では、4つの転写因子（山中因子）のiPS細胞における多能性獲得のメカニズムの解明に貢献しています。また、がん領域では、国立がん研究センター研究所がんゲノミクス研究分野と共同研究を実施し、抗がん剤（mTOR阻害剤）の奏功性予測が可能な分子マーカーの同定に既に成功しており、その実用化を目指しています。また、同定されたバイオマーカーに対して、数十～数百の臨床検体による検証およびメカニズムの解明を行っております。
mTORシグナルパスウェイ：
インフォコムでは、様々な統計解析手法を用い、研究対象の目的に沿った共同研究型のサポートが可能です。データの前処理（ID変換・正規化）から、統計解析、生物学的解釈まで幅広い検討が可能です。ご興味のある方は biomarker＠infocom.co.jpまでご連絡下さい。
共同研究：パートナー
研究機関、臨床検査・体外診断薬メーカー、製薬メーカーとのパートナーシップを通じて統計解析技術のバイオマーカー開発・実用化を推進しています。論文 ＜がんバイオマーカー＞
1. Shibata, T., Saito, S., Kokubu, A., Suzuki, T., Yamamoto, M. and Hirohashi, S.: Global Downstream Pathway Analysis Reveals a Dependence of Oncogenic NF-E2-Related Factor 2 Mutation on the mTOR Growth Signaling Pathway. Cancer Res., 70, 9095-9105, 2010.2. Uemura, N., Nakanishi, Y., Kato, H., Saito, S., Nagino, M., Hirohashi, S. and Kondo, T.: Transglutaminase 3 as a prognostic biomarker in esophageal cancer revealed by proteomics. Int J Cancer., 124, 2106-2115, 2009.
3. Saito, S., Ojima, H., Ichikawa, H., Hirohashi, S. and Kondo, T.: Molecular background of alpha-fetoprotein in liver cancer cells as revealed by global RNA expression analysis. Cancer Sci., 99, 2402-2409, 2008.
4. Orimo, T., Ojima, H., Hiraoka, N., Saito, S., Kosuge, T., Kakisaka, T., Yokoo, H., Nakanishi, K., Kamiyama, T., Todo, S., Hirohashi, S. and Kondo, T.: Proteomic profiling reveals the prognostic value of adenomatous polyposis coli-end-binding protein 1 in hepatocellular carcinoma. Hepatology., 48, 1851-1863, 2008.
5. Katoh, H., Ojima, H., Kokubu, A., Saito, S., Kondo, T., Kosuge, T., Hosoda, F., Imoto, I., Inazawa, J., Hirohashi, S. and Shibata, T.: Genetically distinct and clinically relevant classification of hepatocellular carcinoma: putative therapeutic targets. Gastroenterology., 133, 1475-1486, 2007.
論文 ＜幹細胞＞
6. Saito, S., Onuma, Y., Ito, Y., Tateno, H., Toyoda, M., Akutsu, H., Nishino, K., Chikazawa, E., Fukawatase, Y., Miyagawa, Y., Okita, H., Kiyokawa, N., Shimma, Y, Umezawa, A., Hirabayashi, J., Horimoto, K. and Asashima, M.: Potential linkages between the inner and outer cellular states of human induced pluripotent stem cells. BMC Sys. Biol. in press.7. Oda, Y., Yoshimura, Y., Ohnishi1, H., Tadokoro, M., Katsube, Y., Sasao, M., Kubo, Y., Hattori, K., Saito, S., Horimoto, K., Yuba, S., and Ohgushi, H.: Induction of pluripotent stem cells from human third molar mesenchymal stromal cells. J. Biol. Chem., 285, 29270-29278, 2010.
論文 ＜統計解析技術＞
8. Zhou, H., Saito, S., Hu, R., Piao, G., Wang, J., Liu, Z., Horimoto, K. and Chen, L.: Network Screening of Goto-Kakizaki Rat Liver Microarray Data during Diabetic Progression. BMC Sys. Biol. in press.9. Saito, S., Hirokawa, T. and Horimoto, K.: Discovery of Chemical Compound Groups with Common Structures by a Network Analysis Approach. J. Chem. Inf. Model., 51, 61-68, 2011.
10. Saito, S., Aburatani, S. and Horimoto, K.: Network evaluation from the consistency of the graph structure with the measured data. BMC Sys. Biol. 2, 84, 2008.
11. Aburatani, S., Sun, F., Saito, S., Honda, M., Kaneko, S. and Horimoto, K.: Gene systems network inferred from expression profiles in hepatocellular carcinogenesis by graphical Gaussian model. EURASIP J. Bioinfo. Systems Biol., 47214, 2007.
12. Aburatani, S., Saito, S., Toh, H. and Horimoto, K.: A Graphical Chain Model for Inferring Regulatory System Networks from Gene Expression Profiles. Statistical Methodology, 3, 17-28, 2006
13. Aburatani, S., Goto, K., Saito, S., Toh, H. and Horimoto, K. ASIAN: A Web Server for Inferring a Regulatory Network Framework from Gene Expression Profiles. Nucleic Acids Res, 33, W659-W664, 2005. (IF:7.479)
14. Aburatani, S., Goto, K., Saito, S., Fumoto, M., Imaizumi, A., Sugaya, N., Murakami, H., Sato, M., Toh, H. and Horimoto, K. ASIAN: A Web Site for Network Inference. Bioinformatics, 20, 2853-2856, 2004.
特許
PCT/JP2009/003335 : NOVEL ONCOGENE NRF2ニュース
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