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製品情報

系統分類・品質管理 BioNumerics™

BioNumericsは、1次電気泳動画像をはじめとし、酵素活性テストパネル、塩基配列などの生物学実験を通して得られる、様々なデータをデータベース化し、分類・解析・同定を行う統合ソフトウェアです。
BioNumericsは、特に微生物の系統分類・食品などの品質管理に優れ、各国の研究機関に導入されて高く評価されています。
なお、姉妹製品のGelComparIIはBioNumericsの機能限定版(簡易版)で、Fingerprintデータにのみ対応しています。 

BioNumericsの主な特徴

  • 1次元電気泳動画像(PFGE/RFLP/DGGE等)を編集し、多彩な解析を行います。

  • 電気泳動画像の他にも、様々な生物学実験データ(キャラクタータイプデータ、配列データ、次世代シーケンサーデータなど)を実験サンプルごとに管理し、リレーショナルデータベースを作成します。1データベースにつき、最大25万サンプル、最大200情報フィールドの入力が可能です。

  • 統計学に基づいた多彩な解析機能を搭載しています。実験サンプルごとの比較・解析を容易に行うことが出来ます。また、複数の実験データを統合し、解析することが可能です。

  • データベースから既知の実験サンプルごとにデータライブラリを作成することにより、未知の実験サンプルを比較し、同定することが出来ます。

  • ネットワーク経由でデータ共有が可能で、複数の研究室や大規模プロジェクトの解析ツールとしても利用できます。


BioNumericsの主なデータ取り込み機能

取り込み可能実験データ
  • 電気泳動画像(1次元)

  • 各種クロマトグラフィー、質量分析データ

  • キャラクタデータ、マイクロアレイ

  • 次世代シーケンサーデータ

  • 核酸、アミノ酸配列 など

実験データの編集
  • 1次元電気泳動画像データ
    - レーンの自動検索及びデータ領域の設定
    - マーカー及び各レーンに共通なバンドを用いた画像標準化
    - バンドの自動検出
    - バンドの定量化

  • シーケンスデータ
    - 核酸/アミノ酸配列のマニュアル編集
    - 波形データの編集/比較/コンティグ構築
    - マルチプルアラインメント

1次元電気泳動画像の標準化と定量化



BioNumericsの主なデータ解析機能

統計解析

  • 系統樹解析1(UPGMA, Ward, Single Linkage, Neighbor Joining)

  • 系統樹解析2(Minimum Spanning Tree)

  • 多変量解析(MDS, SOM, PCA, ANOVA/MANOVA)

  • 評価ツール(Bootstrap, Jackknife など)

  • メタゲノム解析

  • 統計(Chi-square test, T-test, Pearson Correlation test, Spearmann rank-order など

合成データセットによる解析
各実験データの融合または各実験データの相同性の平均化による、全体の相同性の計算キャラクタ数またはユーザー定義によるデータ間の重み付け


サンプルデータの同定
マルチライブラリシステムを利用した、特徴的な同定ライブラリの作成と、新規実験データとライブラリとの比較による推定
  
複数データ統合解析画面

参考文献

Applied Maths社ホームページのリスト参照
http://www.applied-maths.com/references/references.htm

稼働環境
OS: Windows 10/8/7/Vista (64bit推奨)
メモリ:4GB~(構成に依ります。お問合せ下さい) 




遺伝子発現解析 GeneMaths XT

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