遺伝子/タンパク質配列解析システム DeCypher
DeCypher（ディサイファー）は、強力なアクセラレータカード（FPGA)と最適化されたバイオインフォマティクスソフトウェアにより、ゲノムアノテーションを加速するソリューションです。ゲノム解読、SNPs解析、次世代シーケンサー解析などを初め、大規模配列データ解析システムとして世界各地の企業および研究所でご利用いただいております。
DeCypherの特徴
アルゴリズム
- DNA（RNA）またはアミノ酸に対して、以下の検索アルゴリズムが利用可能です（以下アルゴリズムすべてDeCypherアクセラレータカードにより高速化されています）。
- Smith-Waterman
- Double-AffineSmith-Waterman 長いギャップに対応したSmith-Watermanアルゴリズム
- Tera-BLAST BLAST同等のホモロジーサーチアルゴリズム
- Tera-Probe 大量の核酸オリゴマーの検索に最適のアルゴリズム
- Frame Search Smith-Watermanと同等でかつ、フレームシフトを許容するアルゴリズム
- Profile search Smith-Watermanと同等でプロファイル済みデータから検索するアルゴリズム
- GeneDetective Tera-BLASTや隠れマルコフモデルを用いたゲノムからの遺伝子探索アルゴリズム
解析一例
- 次世代シーケンサー解析
○ Tera-BLAST、Tera-Probeを用いたマッピング
○ 隠れマルコフモデルを用いた遺伝子探索
○ NCBI-BLAST - EST/cDNAマッピング
○ Tera-BLAST、Smith-Watermanを用いた解析 - メタゲノム解析
○ 腸内細菌叢解析 - ローカルDBを用いた高速遺伝子検索
○ Tera-BLAST、Smith-Waterman等を用いた遺伝子配列検索
○ DDBJ、UniProt、その他有料DB等をダウンロードしての
高速遺伝子検索
- その他の解析事例はこちらのサイトをご覧ください。
ベンチマーク
- BLASTN、BLASTX、BLASTPのそれぞれのアルゴリズムについて、速度を3 GHzのCPUと比較した結果が下図になります。FPGAボードの枚数に比例して速度も上昇します。
- ボード枚数変更時の解析速度比較
BLAST等のアルゴリズムは使用するデータベースや検索する配列の長さなどにより検索時間が異なりますので、こちらのご評価のためのベンチマークレポートサービスも無償で行っております。お気軽にお問い合わせください。
コストパフォーマンス
FPGAボードを3枚使用した場合のコストパフォーマンスを下記に掲載いたします。CPUクラスターとの比較した場合、消費電力が著しく少ないことがご理解いただけるかと思います。
- FPGAボードを3枚使用した場合の消費電力比較
※1：クラスターの場合はサーバの電力使用に加え、サーバの冷却のためのコストがかかります。
(一般に、サーバの冷却コストはサーバ本体の電力使用の2倍以上といわれています)
※2：Giga Cell Update Per Secondの略
次世代シーケンスデータ解析ソフトウェア ZOOM
高速相同性検索ソフトウェア PatternHunter
DNA検索システム GIAS64
論文精読型パスウェイ解析ツール MetaCore
