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製品情報

Protein-Ligand 構造DB構築・Binding site 解析 Desert Scientific Software

Desert Scientific Software社は、オーストラリア・シドニーを拠点に製薬企業様向けの創薬ソリューションを提供してる企業です。同社は10年以上のコンサルティング活動の経験を活かし、in silico創薬をサポートする立体構造のデータベース構築ソフトやタンパク質-リガンド間の非共有結合に基づくBinding Siteを解析するソフトの開発を行っております。また、評価ライセンスも提供しております。こちらまでお問い合わせください。


Desert Scientific Softwareとは?? 
Desert Scientific Software社は、タンパ質およびタンパク質-リガンド複合体構造情報のデータベース構築を行うProasis2、Proasis2の情報を可視化するProasis3(インターフェイス)、タンパク質-リガン複合体の非共有結合性相互作用解析および結合水分子の置換ポテンシャルを評価するViewContactsをコアとしたソリューションを提供しております。

Solution概要
Proasis2/Proasis3
    Protein および Protein-Ligand 複合体の立体構造を格納するフレキシブルなRDB(relational database)システムです。
    Proasis2は、Protein および Protein-Ligand 複合体の立体構造(PDB)を格納するデータベースです。自社データだけではなく、公的サイトからDomain情報をデータベース内に格納可能です。ターゲットに結合したリガンドは識別・保存され、その情報は binding site の領域の認識や重ねあわせに利用できます。 in-house の構造に対して標準化したヘッダーを定義し、構造の登録を簡便化しています。

    Proasis3は、Protein-Ligand 複合体の構造およびその情報を表示するインターフェイスです。構造情報に付随しているアノテーション及び配列情報に対する検索だけではなく、お手持ちの構造描画ソフトをベースにした構造検索も可能です。 更にPyMol表示も可能です。
     
     構造登録画面とPyMol表示

    ViewContacts
      ViewContacts は、原子タイプを自動アサインしすることで Protein-Ligand 複合体のbinding sitesにおける各種相互作用を認識し非共有結合性の相互作用を解析するソフトです。 更に、結合水分子構造が理想的な四面体座標からどの程度"ずれ"ているかに基づくスコアリング手法で計算することでプロテイン結合水分子の置換ポテンシャルを評価することも可能です。
         
      Protein-Ligand 相互作用解析:2cf8 (Thrombin)及び水分子のハンドリング:2r8q (PDE-B1)

      Scorpion
        Scorpionは、ネットワークモデルによってProtein-Ligand複合体の協調効果を考慮することで安定な複合体構造を計算するソフトです。 本製品は、DesertSci社が Roche 社との共同研究に基づいて開発したものです。

        Scorpionワークフロー
        1) Protein-Ligand の Binding sites 内の各種相互作用を識別、クラス分け
        2) 共有結合と favorable 相互作用を単一ネットワークに結合
        3) リガンド原子を含むネットワーク・パスをネットワーク記述子により記述
        4) プロテイン構造の reduced グラフ表現を定義
        5) 高品質なデータセットに対して遺伝的アルゴリズムを用いてパラメータ化
           
        Activity cliff: Scorpionスコアと実験値の比較
        高品質の構造データと複合体の実験値を用い最適化を行い
        スコア関数を用いた ネットワーク項を考慮することで、より実験値に近づきます。  
        複合体上でのLigand原子のスコア表示。大きさを色別に示します。

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