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製品情報

KNIME用ChemAxonノード (日本語) JChem Extensions

JChemExtensionsは、世界的に評価の高いケムインフォマティクス・ツール・ベンダーであるハンガリーのChemAxon社の協力の下、 ワークフロー型プラットフォーム"KNIME"上でChemAxon社製品を利用できるように連携し、化学構造を取り扱う基本的な機能から化合物物性計算や各種計算処理機能まで を対応する、幅広いノードを用意しています。 ChemAxon社がリリースする高品質な化合物認識、描写・可視化機能、化学計算ツールと、KNIME自体が所有するノード群、SCHRODINGER社のようなサードパーティーが提供する各ノード群との連携の充実が図れ、研究者はより洗練されたワークフローシステムを構築することが可能となります。
尚、インフォコムは、KNIMEユーザに向け、JChem Extensionsの一部ノード群で、基本的な構造描写・可視化が行える"Marvin Family Nodes"を無償提供(サポートなし)しています。

1.ノード構成表

Node Category Node
Converter JChemExtensionsと他のノード間の構造データを変換するノード群
MrvConverter SdfType、SmilesType、Mol2Typeの構造フォーマットをMarvinTypeに変換
MrvFromCmlConverter CMLTypeをMarvinTypeに変換
MrvFromMol2Converter Mol2TypeをMarvinTypeに変換
MrvFromMolConverter MolTypeをMarvinTypeに変換
MrvFromPdbConverter PdbTypeをMarvinTypeに変換
MrvFromRxnConverter RxnTypeをMarvinTypeに変換
MrvFromSdfConverter SdfTypeをMarvinTypeに変換
MrvFromSmilesConverter SmilesTypeをMarvinTypeに変換
MrvToCmlConverter MarvinTypeをCMLTypeに変換
MrvToMol2Converter MarvinTypeをMol2Typeに変換
MrvToMolConverter MarvinTypeをMolTypeに変換
MrvToPdbConverter MarvinTypeをPdbTypeに変換
MrvToRxnConverter MarvinTypeをRxnTypeに変換
MrvToSdfConverter MarvinTypeをSdfTypeに変換
MrvToSmilesConverter MarvinTypeをSmilesTypeに変換
MrvToStringConverter MarvinTypeを指定したフォーマットのStringTypeに変換
Database 構造データベースとの連携ノード群
JChemCartridge JChemCartridge for Oracleに対して構造検索
JChemDelete JChemManagerで接続したDBに対して構造レコードの削除、及びテーブルの削除
JChemManager KNIME上からJDBCを使用してRDBMS(Oracle、MySQL、MS_ACCESS、etc)に接続
JChemSearch JChemManagerで接続したDBに対して構造検索
JChemUpdate JChemManagerで接続したDBに対して構造を含むKNIMEデータの登録
IO 外部ファイルとの連携ノード群
DocumentExtractor テキストドキュメント、及びWebサイトから化学名を抜粋して、それらを化学構造に変換
MarvinSketch MarvinSketchによる構造描画、及びKNIMEデータへの入力(MoleculeDataTypeは"MrvCell")
MolExporter sdf、Smiles、Mol2等の各種構造ファイルへKNIMEデータを出力
MolImporter sdf、Smiles、Mol2等の各種構造ファイルからKNIMEデータに入力*PDBは複合体情報の読出し不可
MultipleMolImporter MolImporterで扱える構造ファイルを同時に複数インポート可能
MultiplePdbImporter PdbImporterで扱える構造ファイルを同時に複数インポート可能
PdbImporter PDBファイルを入力、但しPDBファイル内の複合体情報を保持(PdbTypeとして)
Variable Based MolImporter MolImporterと同じ、但しファイルパスをKNIMEの変数として指定が可能
Variable Based PdbImporter PdbImporterと同じ、但しファイルパスをKNIMEの変数として指定が可能
Manipulator 構造データを用いた各種処理ノード群とChemAxon社のCalculator Plugins処理ノード群
BCUT 構造のBurden eigenvalue descriptor (BCUT)を計算
Chemical Fingerprint 構造の情報を含むビット列Chemical Fingerprintを生成
Chemical Terms ChemAxon社のCalculator Pluginsや物性計算を実行、また各計算の演算式を作成することも可能
Fragmenter 構造を指定した規則(RECAP等)に基づいてフラグメント化を実行
FuseFragments 複数構造(フラグメント)を断片化された分子を含む1構造へ融合
GetMolNameAndComment Molname、Comment情報を取得
LibraryMCS 最大共通部分構造(maximum common substructures)に基づきクラスタリングを実行
Metabolizer 指定した化学反応定義に基づき、代謝予測を実行
MolSearch KNIME上の構造データに対して構造検索
MolSimilarity KNIME上の構造データに対して構造類似度を計算
R-group Composition 中心構造、及びリガンドから、R-Group構造(Markush構造)を生成
R-group Decomposition R基を含む構造による構造検索を実施し、中心構造、各リガンドへ分解
Reaction Fingerprint 反応の情報を含むビット列Reaction Fingerprintを生成
RxnSimilarity KNIME上の構造データに対して反応類似度を計算
SetMolNameAndComment Molname、Comment情報を設定
SplitIntoFragments 断片化された分子を含む1構造を各構造(フラグメント)へ分解
Standardizer 構造式の標準化を実行
Reactor
Reactor 指定した化学反応定義に基づき、バーチャルリアクションを実行
UniReactor 指定した化学反応定義に基づき、バーチャルリアクションを実行(単反応)
BiReactor 指定した化学反応定義に基づき、バーチャルリアクションを実行(複数反応:2化合物)
TriReactor 指定した化学反応定義に基づき、バーチャルリアクションを実行(複数反応:3化合物)
JChem External Tool
JChem External Tool 0:1 外部のプログラム実行(入力データ0、出力データ1)
JChem External Tool 0:2 外部のプログラム実行(入力データ0、出力データ2)
JChem External Tool 1:1 外部のプログラム実行(入力データ1、出力データ1)
JChem External Tool 1:2 外部のプログラム実行(入力データ1、出力データ2)
JChem External Tool 2:1 外部のプログラム実行(入力データ2、出力データ1)
JChem External Tool 2:2 外部のプログラム実行(入力データ2、出力データ2)
Calculator Plug-ins
Elemental Analysis 構造の元素組成に関連する基本的な値を計算
Naming 構造の慣用名または2004年に発行されたOrganic ChemistryのNomenclatureに基づくIUPAC名を生成
Markush Enumeration Markush構造で表現される構造ライブラリを発生
Protonation pKa 酸解離定数を計算
Major Microspecies 指定したpHにおけるメジャープロトネーションフォームを計算
Isoelectric Point 等電点の計算
Partitioning logP オクタノール/水分配係数(logP)を計算
logD オクタノール/水分配係数(logD)を計算
Charge Charge パーシャルチャージを計算
Polarizability 分極率を計算
Orbital Electronegativity 電気陰性度を計算
Isomers Tautomers 互変異性体を生成
Stereoisomers 立体異性体を生成
Conformation Conformers 配座異性体を生成
Molecular Dynamics 分子動力学シミュレーションを計算
3D Alignment 同タイプ原子のオーバーラップによる、3次元構造アライメントを計算
Geometry Topology Analysis 構造のトポロジーに関連する値を計算
Geometry 構造の幾何学的に関連する値を計算
Polar Surface Area 極性表面積を計算
Molecular Surface Area 分子表面積(van der Waals's 、solvent accessible)を計算
Other H Bond Donor/Acceptor 水素結合受容体数および水素結合供与体数を計算
Huckel Analysis Huckel法による局在エネルギーを計算
Refractivity モル屈折率を計算
Resonance 共鳴構造を生成
Structural Frameworks Bemis and Murckoフレームワークを生成
Visualizer 構造可視化ノード群
MarvinSpace KNIME上でMarvinSpaceを利用し、化合物を3次元で可視化
MarvinView KNIME上でMarvinViewを利用し、化合物を2次元で可視化
MarvinTable 化合物構造と文字・数値(物性や活性情報)をテーブル形式で表示
Web Web経由でのデータ検索ノード群
PubChemSearch PubChemサイトへ構造検索
RCSBPdbImporter RCSBサイトからID検索によるPDBデータ取得
*赤文字はMarvin Family Nodesとなり無償で利用することが可能です。
*JChemExtensionsのヴァージョンは2017年6月時点でJChemExtensions3.3.2となります。
*ChemAxon社製品の一部の機能のみに対応するノードもあります。詳細については、カタログを参照いただくか、もしくはインフォコムまでお問い合わせください。
*JChem Extensionsを利用する場合は、別途該当するChemAxon社製品のライセンスが必要です。

2.稼働環境
  • JChem Extensionsは、KNIMEが稼動できる環境に合わせて構築されております。最新のKNIMEについては、KNIMEホームページを参照ください。
    JChem Extensionsを利用するうえで基本的な稼動環境・条件は以下の通りです。
  ○KNIMEプログラム KNIME
  ○KNIME 3.3.0 以降

  ○ChemAxon社製品ライセンス
   JChem Extensionsのノードに応じてChemAxon社製品のライセンスが必要です(要問合せ)。

3.Marvin Family Nodes取得方法
  • KNIMEソフトウェアから取得
       JChemExtensionsのうちMarvin Family Nodesは、JChemExtensionsをダウンロードすることによって
       無償にて利用することが可能です。KNIME上から弊社アップ デートサイトに接続して取得してください。
   ○取得方法

4.JChemExtensionsの評価利用
  • 評価ライセンス
       Marvin Family Nodes以外のノードについて、ご購入前の製品評価として評価ライセンスをご提供しております。
       取得方法を参照してプログラムをダウンロード後、評価ライセンスをご請求下さい。
   ○取得方法


JChem Extensions (English)

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