論文精読型パスウェイ解析ツール MetaCore
米国THOMSON REUTERS社(旧GeneGo社）MetaCoreは、タンパク質間相互作用、タンパク質-低分子（薬剤/生体内低分子）相互作用、GPCR、転写因子、代謝経路情報、毒性パスウェイを収録したパスウェイ解析ツールです。データは、専門家の文献精読によって収集しているため非常に信頼性の高い情報を提供することが可能です。
更に、マイクロアレイ、プロテオミクスなど実験データを利用したオントロジー解析やパスウェイ解析も可能です。
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データベース
- ヒト遺伝子4万2千件以上、ヒトタンパク質2万3千件以上
- 115万件以上の分子間相互作用情報
- マウス/ラット独自の相互作用/論文情報を収録
- 転写制御因子遺伝子（ヒト、マウス、ラット） 2600件以上
- 相互作用 18種類（薬物毒性作用、miRNAによる翻訳阻害情報も収録）
- 薬剤、生体内低分子 69万件以上（GVK Bio情報収録）
－ 構造式（Molファイルでダウンロード可能）
－ 薬剤情報 6600件以上
－ 薬物間相互作用情報
－ 毒性、ADME実験での活性値情報（論文ベース）
- 代謝
－ 9600件以上の代謝反応
- カノニカルパスウェイ"Map" （総説論文ベースの信頼性の高いパスウェイ）
－ 530種以上のシグナル伝達、細胞周期関連
－ 220種以上の代謝パスウェイ
- 疾患情報
－ Mesh、OMIMなど公的ソースをベースにした疾患情報
－ 開発元独自の疾患パスウェイ（疾患バイオマーカー）
- イヌ、ショウジョウバエ、チンパンジー、酵母、線虫、シロイヌナズナなどモデル生物15種のオーソログ情報を収録
- 各分子に対し局在特異的な収録（臓器、細胞内局在）
- 各分子に対しcell line情報を収録
- 開発元独自の『毒性』パスウェイ情報を収録
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カノニカルパスウェイ"Map"™
細胞内局在情報の可視化と疾患情報を利用したフィルタリング
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パスウェイ解析機能
- 注目する遺伝子/タンパク質/低分子などからの情報検索およびパスウェイ構築
- ベーシックなパスウェイ構築アルゴリズムに加え、遺伝子/タンパク質リストからパスウェイの自動作成とランキングを行うAnalysis Network機能を搭載（転写因子、レセプター解析に特化したアルゴリズムも搭載）
- 疾患、臓器別遺伝子発現部位、細胞内局在、相互作用種、分子種、オーソログ情報を利用したパスウェイ解析
- Affymetrix/Agilent/Illuminaアレイデータ、プロテオミクスデータ、メタボロミクスデータ、SAGEの取り込みとパスウェイ上への可視化
- 大量のマイクロアレイ、遺伝子/タンパク質データから各種パスウェイ（疾患、細胞プロセス、毒性、代謝）に対する有意差を検定
- Thomson Reuters Integrity, GeneSpringGX™, SpotFire™, Rosetta Resolver™, MDL DiscoveryGate™,EndNote™,Cytoscapeと連携
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各種パスウェイ（疾患、毒性、代謝）に対する検定
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参考文献
こちらのサイトをご覧ください。
稼働環境
ウェブアクセス版およびインハウス版をご用意しております。
- クライアント （ウェブアクセス版、インハウス版）
－WindowsXP,Vista,7 もしくは、Mac OSX 以上
－Internet Explorer 7.0以上、
FireFox 3.0以上 、もしくは Google Chrome 18.0以上
－無償ソフトウェアAdobe Flash (MX)プラグイン version 9以上、および同社SVG viewer
－CPU：Pentium4（2.0GHz以上） RAM：1GB以上
- サーバー （インハウス版）
2CPU以上 (Dual Xeon) RAM： 4GB以上推奨
SCSI HDD推奨
OS: Red Hat Enterprise Linux 2.1, 3.0,4.0 (32bit edition)あるいはRed Hat 9
Oracle 9.2.0.4
HDD：150GB以上の空き容量
薬物代謝・毒性関連パスウェイ解析ツール MetaDrug™
研究者向け統合データベース Eureka!
毒性/トキシコゲノミクス解析ツール ToxHunter
