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製品情報

de novoシーケンス解析・タンパク同定 PEAKS™

PEAKSはタンデム質量分析装置から得られたMS/MSピークリストから、de novoシーケンシングとデータベースサーチを行うソフトウェアです。
現在プロテオーム研究で主流となっているデータベースサーチ機能では、既知タンパク質のデータベースと照らし合わせることによって、サンプル中に含まれるタンパク質や、翻訳後修飾の解析を行うことが出来ます。
一方、de novoシーケンシング機能では、データベースに依存せずに、サンプル中に含まれるターゲットタンパク質のアミノ酸配列や、翻訳後修飾の解析を行うことが出来ます。データベースを必要としないde novoシーケンシングは、未知タンパク質やデータベースが整っていない種のタンパク質、生体内ペプチドや合成ペプチドなどの解析に有効です。
PEAKSは、de novoシーケンシング・データベースサーチ・翻訳語修飾解析・Mutation解析・定量解析(オプションプログラム:PEAKS Qを利用)を一つのソフトウェアで使用することが可能なので、研究者の様々なプロテオーム解析ニーズに対応が可能です。

de novoシーケンシング
MS/MSから得られたイオンの質量をもとに、ペプチドのアミノ酸配列を算出します。データベースは全く使用しませんので、データベースに登録されていない配列の解析も可能です。手動で行うと非常に面倒なde novoシーケンシングですが、PEAKSではワンクリックでOKです。操作が非常に簡単なうえ、1ペプチドにつきわずか2~3秒で結果が表示されます。また、ハイスペックなコンピュータは必要なく、お手元のノートPCでもお使いになれます。

主な機能
  • DDP (Double-Dynamic Programming)アルゴリズムを用いて、最適アミノ酸配列を算出
  • ワンクリックの簡単操作
  • 画期的な計算速度
  • 配列全体のスコアに加え、部分的な配列のスコアを算出
  • マニュアル操作による配列決定が可能
  • 表示された解析結果はExcel、HTML形式で出力可能
  
de novoシーケンシング結果画面
データベースサーチ
既知タンパク質がターゲットの場合、データベースサーチ機能で同定を行うことも出来ます。
PEAKSのデータベースサーチは、de novoシーケンシング結果を利用して、あらかじめ候補となるタンパク質を絞り込むため、従来のデータベースサーチソフトウェアでしばしば問題になるFalse Positive(不正解のタンパク質が同定されること)を低く抑えることが出来ます。 PEAKSでは、データベースサーチ結果も管理的に見ることが可能です。例えば、グループタンパク(ファミリータンパク)がまとめて表示されるので、タンパク質としての検索スコアが非常に見やすくなっています。異なるパラメータ(翻訳後修飾設定や異なるDBなど)での検索結果を、複数比較する機能も搭載されています。
PEAKSでデータベースサーチを実行した結果に対して、更に網羅的な翻訳語修飾解析やMutation解析なども可能です。
また、「InChorusデータベースサーチ」機能を使うと、PEAKS独自の検索エンジンだけではなく、Omssa、X!TANDEM、SPIDERなど各種フリー検索エンジン結果との比較も可能です。また、Mascot、Sequest結果との比較も可能です。
 
データベースサーチ結果画面


読込み可能なデータフォーマット
下記タイプの入力データに対応しています。
  • PKL形式/RAW形式(Waters/Micromass社)
  • DTA形式/RAW形式(Thermo社)
  • MGF形式(Shimadzu/AB Sciex/Bruker Daltonics/Hitachi社)
  • XML形式/mzXML形式/mzML形式/mzData形式
  • D形式/yep形式(Agilent社)
  • sms形式/xms形式(VarianMS)
  • wiff形式(AB SCIEX社)
  • baf形式/yep形式/lift形式(Bruker社)
  •   ※その他はお問い合わせください。
PEAKSファミリー
PEAKSでは目的により各種パッケージを選ぶことが可能です。

PEAKS Studio
PEAKSのスタンダードタイプ。Auto de novoシーケンシング、Manual de novoシーケンシング、データベースサーチが可能で、操作画面や結果画面はGUIでグラフィカルの表示され操作が簡単です。

PEAKS Online
サーバー&クライアント型のPEAKS。Auto de novoシーケンシング、データベースサーチが可能で、操作や結果表示にはWebブラウザを用いるためOSに依存しません。マルチCPUに対応しています。

PEAKS Viewer
PEAKS Studioの結果閲覧のためのビューアー。de novoシーケンシングやデータベースサーチなどの解析は不可です。

PEAKS Client
PEAKS Onlineのクライアントソフトウェア。GUIはPEAKS Studioと同じですが、ジョブを実行するのはPEAKS Onlineサーバーで、ジョブを投げたり結果を見ることが可能です。

参考文献
下記ホームページをご参照ください。
http://www.bioinfor.com/peaks/features/bsipub.html

稼働環境
OS: Windows 7/8  (64bit推奨)
メモリ:4GB以上(8GB推奨)
CPU : Dual Core以上
JAVA:JAVA1.6以上対応

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